LabDAO prikazuje budućnost AI otvorenog koda za otkrivanje droga

Projekat Folding@home dospeo je na naslovne strane tokom pandemije COVID-19 zbog raspoređivanja neiskorištene računarske snage za istraživanje prostora za pretragu savijanja proteina u borbi protiv novog koronavirusa. Osposobljavajući građane da budu sami po sebi naučnici, inicijativa je pokrenula velike simulacije različitih molekularnih konfiguracija proteina u distribuiranoj mreži "upisanih" računara širom svijeta.

Ova decentralizovana paradigma je najavljena za okupljanje ljudi oko zajedničkog problema i efikasnog prikupljanja računarske moći, ali šta ako su računarska snaga i infrastruktura za rešavanje problema obrnuti? Drugim riječima, šta ako bi pojedinci mogli pokrenuti vlastite projekte korištenjem akumulirane računarske snage i alati za biološko eksperimentiranje?

LabDAO pretvara taj san u stvarnost sa svojom PLEX platformom. PLEX je alat komandne linije otvorenog koda dizajniran da učini dostupnim ne samo računarske resurse, već i razne alate za biološko-mašinsko učenje (koji su skovali paket „BioML“ unutar LabDAO-a) u različitim pozadinama. Bilo da eksperimentišete sa pristajanjem malih molekula ili sopstvenim simulacijama savijanja proteina, PLEX omogućava korisnicima da koriste LabDAO biblioteku alata, dele rezultate i vizualizuju ih za manje od pet minuta.

Ovaj skup alata i njegova platforma za korištenje na vrhu su izloženi na Zuzaluovom samitu Blockchain Meets Biology početkom aprila, gdje je članica LabDAO Core Team-a Lily Hansen-Gillis demonstrirala od početka do kraja simulaciju unutrašnje molekularne dinamike proteina da pronađe njegovu najstabilniju konfiguraciju. Zatim je, kao samozvani „nekoder“, provela publiku kroz to od početka do kraja – sve sa kompjuterom, WiFi, PLEX-om na komandnoj liniji i ništa više.

U širem smislu, LabDAO je decentralizirana platforma s omogućenom web3 (dio većeg pokreta „DeSci“) posvećena stvaranju produktivnijeg okruženja za otkrivanje lijekova otvorenog koda. Čineći alate i resurse na samom vrhu dostupnim širem ekosistemu, LabDAO ima za cilj da stvori pravo okruženje za transparentna i dostupna naučna dostignuća. Bilo da eliminiše potrebu da istraživači imaju svoj vlastiti hardver ili računarsku infrastrukturu ili objavljuju rezultate eksperimenata na blokchain knjizi tako da se mogu obraditi i reproducirati, organizacija je posvećena omogućavanju većeg broja inovacija kroz saradnju – rušenje barijera uzrokovanih lošim upotrebljivost i izolovanost, niša stručnosti.

Napori LabDAO-a da izgradi ovaj DeSci svijet budućnosti za danas su nedavno dobili poticaj u obliku runde finansiranja od 3.6 miliona dolara od raznih drugih DAO-a, Inflection.xyz, Balaji Srinivasan i drugih. Ovaj priliv podrške će doprinijeti tekućim naporima na izgradnji softverskih alata otvorenog koda i jačanju LabDAO-ovog istraživačkog ekosistema.

Što se tiče samog PLEX-a, neposredni naredni koraci na horizontu uključuju testiranje platforme u različitim naučnim saradnjama, skladištenje raznih alata i akumuliranje potrebnog hardvera za podsticanje BioML mreže.

Što se tiče dugoročnog, možda će sljedeći lijek koji spašava živote tokom sljedeće velike epidemije zarazne bolesti biti osmišljen sa snagom PLEX-a, jedan po jedan decentralizirani korak naprijed. Kako ekosistem nastavlja da raste, samo će vrijeme pokazati.

Hvala Aishani Aatresh za dodatna istraživanja i izvještavanje o ovom članku. Osnivač sam SynBioBeta, a neke od kompanija o kojima pišem su sponzori SynBioBeta konferencija. Za više sadržaja, možete se pretplatiti moj nedeljni bilten.